Po stretnutí s premiérom Dzurindom dal komisár Verheugen na známosť, že odvolal zmrazenie desiatich percent záloh na platby pre projekty v rámci programu PHARE, takže do konca roku môžu prísť peniaze na Slovensko. Na skutočnosť, že únia odvolala sankciu za kauzu eurofondov, reagoval aj politik, ktorý na ňu po Rolandovi Tóthovi aj najviac doplatil. Bývalý vicepremiér Hamžík sa vyjadril, že závery z nej boli vyrobené účelovo, čím chcel povedať, že jeho odvolanie nebolo opodstatnené. „Vyšetrovanie kauzy sa chýli ku koncu a zistila sa len netransparentnosť pri výbere projektov a možný konflikt záujmov,“ povedal predseda SOP. V tejto vete stoja za povšimnutie dve pozoruhodnosti. Okolnosť, že použil slovko „len“ v súvislosti s netransparentnosťou, i fakt, že táto odchýlka od žiaduceho stavu „sa zistila“, hoci pán Hamžík ju ako vicepremiér mohol odhaliť aj osobne.
V lete roku 2000 mu totiž napísal list jeho vládny kolega zo SMK. „Vyslovil som vážne indície, že na tomto odbore nie je všetko v poriadku a že činnosť pána Tótha zaváňa korupciou,“ zreprodukoval jeho obsah Pál Csáky. Hamžík reagoval výzvou, aby predložil dôkazy. Podobne sa podpredseda vlády pre integráciu postavil aj k výsledkom kontroly z Úradu vlády SR. Tá o činnosti pána Tótha skonštatovala, že „riaditeľ odboru zahraničnej pomoci koná nad rámec svojich oprávnení a bez právneho podkladu“. Riaditeľ konal natoľko „samostatne“, že si privlastnil aj niektoré Hamžíkove kompetencie. Ako vládny činiteľ zodpovedný za integráciu, predseda SOP nereagoval ani vtedy, keď sa v slovenských médiách objavili články, že pán Tóth bol zo svojej funkcie odvolaný „pre podozrenie z neoprávneného obohacovania súvisiaceho s funkciou“. Práve to, že sa verejnosť o podozrení nedozvedela od vicepremiéra, ale až z reakcie Európskej únie, spôsobilo škandál, po ktorom musel svoj post opustiť. Hoci vinu za to pripisuje premiérovi, svoj odchod si pán Hamžík spôsobil sám.