Vláda a mnohí koaliční poslanci zmarili zavŕšenie ustanovenia Národného bezpečnostného úradu ako nezávislej inštitúcie. Exminister vnútra Ladislav Pittner sa usiloval, aby bol NBÚ len súčasťou ministerstva vnútra. Po kritických ohlasoch z centrály NATO stiahol takto koncipovaný návrh zákona a neskôr parlament prijal právnu úpravu, ktorá definuje úrad ako samostatnú administratívnu jednotku. Problém je však v tom, že vláda v štátnom rozpočte nepamätala na potreby NBÚ a poslanci tiež viac mysleli na stranícko-politické záujmy ako na potreby štátu.
NBÚ bude aj na budúci rok financovaný z kapitoly ministerstva vnútra. Tento stav je rovnako absurdný, ako keby bol Najvyšší kontrolný úrad pripojený na rozpočtovú kapitolu Úradu vlády SR. Ministerka financií Brigita Schmögnerová bola už od februára informovaná, že v rozpočte na rok 2002 je potrebné počítať aj s bezpečnostným úradom. Ak tento fakt nestihla pre svoju zaneprázdnenosť zaevidovať vo februári, musela s ním vážne počítať od júla, keď NBÚ oficiálne vznikol. Obmedzenosť štátnického myslenia preukázali najmä mnohí koaliční poslanci, ktorí nehlasovali aspoň za navýšenie prostriedkov pre úrad len preto, že Pála Farkasa z SMK s identickým návrhom predbehol opozičný Sergej Kozlík. František Šebej tento postup eufemisticky označil za „mentálny skrat“. Vďaka „skratu“ bude mať NBÚ k dispozícii namiesto 495 miliónov iba 117. Svetlým bodom je prístup ministra vnútra Ivana Šimka, ktorý riaditeľovi NBÚ Jánovi Mojžišovi prisľúbil, že z rozpočtu svojho rezortu vyčlení na potreby úradu vyššiu sumu, ako je schválených 117 miliónov.
