V posledných dňoch funkčného obdobia stál prezident Michal Kováč pred dvoma vážnymi politickými rozhodnutiami. Prvé sa týkalo demisie dvoch ministrov Mečiarovej vlády a druhé žiadosti, aby na základe rozhodnutia Ústavného súdu znovu vyhlásil referendum o priamej voľbe prezidenta a vstupe do NATO. V oboch prípadoch sa M. Kováč zachoval tak, ako to zodpovedá jeho päťročnému pôsobeniu vo funkcii prezidenta.
Demisiu ministrov O. Keltošovej a K. Česneka prezident prijal a vymenoval ich nástupcov. Z načasovania demisie bolo pritom úplne zjavné, že sa V. Mečiar takto pripravuje na dlhšie obdobie, keď vzhľadom na neobsadenie prezidentskej funkcie nebude možné robiť vo vláde zmeny. Pritom hlavnú zodpovednosť za nezvolenie Kováčovho nástupcu nesie práve V. Mečiar a jeho HZDS. Prezident teda mohol neprijatím demisie vyvinúť na premiéra istý tlak smerom k zvoleniu novej hlavy štátu. Napriek tomu sa rozhodol nehrať v tejto veci taktické hry a obe demisie prijal. Znovu tým ukázal, že nemá záujem hádzať vláde polená pod nohy, a pokiaľ je to možné, vystupuje nekonfrontačne aj voči svojim politickým protivníkom.
Druhé z posledných závažných rozhodnutí prezidenta M. Kováča, ktorým určil nový termín referenda na 19. apríla, má zdanlivo úplne opačný charakter, pretože sa ním prezident znovu dostal do konfrontácie s vládnou mocou. Odchádzajúci prezident sa tejto poslednej konfrontácii mohol vyhnúť, označiť rozhodnutie Ústavného súdu vo veci zmareného referenda za nejasné z hľadiska jeho dôsledkov a vytvoriť tak obraz úplne pokojnej atmosféry záveru svojho prezidentovania. Nebol by to však obraz zodpovedajúci tomu, ako M. Kováč svoju funkciu vykonával. Po celý čas sa síce usiloval o nekonfrontačný štýl a nadstranícky prístup, nie však za cenu, že by tým spochybnil svoju pozíciu ochrancu demokracie a právneho štátu. A ani v tomto prípade neuprednostnil formálny pokoj pred rešpektovaním vládou porušovaných práv občanov a nové referendum vyhlásil.
