Dňa 3. marca 1998 predseda vlády SR V. Mečiar využil svoje nové prezidentské právomoci a vyhlásil rozhodnutie o amnestii. V amnestii sa o trestných činoch zmareného referenda a únosu prezidentovho syna M. Kováča píše:
Článok V
Nariaďujem, aby sa nezačínalo, a ak sa začalo, aby sa zastavilo trestné stíhanie za trestné činy spáchané v súvislosti s prípravou a vykonaním referenda z 23. mája a 24. mája 1997.
Článok VI
Nariaďujem, aby sa nezačínalo, a ak sa začalo, aby sa zastavilo trestné stíhanie za trestné činy spáchané v súvislosti s oznámením o zavlečení Michala Kováča mladšieho do cudziny.
m m m
Dňa 7. júla bolo v Zbierke zákonov zverejnené takéto Rozhodnutie predsedu vlády Slovenskej republiky zo 7. júla 1998 o amnestii:
Predseda vlády Slovenskej republiky, využívajúc svoje právomoci podľa čl. 105 ods.1 a čl. 102 písm. i) Ústavy Slovenskej republiky v záujme odstránenia sporov o výklad rozhodnutia o amnestii z 3. marca 1998, uverejneného pod č. 55/1998 Z.z., vyhlasuje toto rozhodnutie o amnestii:
