Autor je filozof a správca Nadácie otvorenej spoločnosti
Ako spoluautor námetu a koordinátor výskumu k dokumentárnemu seriálu ŠtB: Prísne tajné som spoločne s kolegami, novinárom a režisérom Lukášom Dikom a českým historikom Prokopom Tomekom organizoval aj rešeršné práce k záverečnej epizóde venovanej dedičstvu ŠtB po roku 1989.
V lete 2021 sa nám podarilo objaviť originál strateného zväzku, ktorý ŠtB v rokoch 1979 – 1981 viedla na Jána Budaja pod krycím menom „Domovník“. Zväzok sa nachádzal v Správnom archíve Armády ČR v Olomouci ako príloha vyšetrovacieho spisu inšpekcie ministerstva vnútra proti Viliamovi Ciklaminimu.
V Česku našli Budajov podpis k spolupráci s ŠtB Čítajte Ciklamini bol bývalý komunistický špión, v 60. rokoch pôsobil na rezidentúre v Izraeli, no po roku 1968 ho z ŠtB vyhodili. Po zmene režimu sa ako jeden z mnohých reaktivovaných bývalých eštebákov pokúsil nadviazať na bývalú kariéru a v januári 1990 sa stal námestníkom federálneho ministra vnútra Richarda Sachera. Z tejto pozície spolu s bývalým príslušníkom ŠtB Jaroslavom Svěchotom v marci 1990 získali Budajov zväzok z archívu ŠtB v Bratislave.
Svěchota bol tiež reaktivovaným príslušníkom ŠtB, ktorý sa etabloval v nových bezpečnostných štruktúrach ako šéf bratislavskej expozitúry novej tajnej služby demokratického štátu. Neskôr pôsobil v SIS, kde sa obklopil bývalými eštebákmi a v roku 1995 zorganizoval únos Michala Kováča ml.
