ednostnení boli tí, ktorých odporúčali kňazi kolaborujúci s režimom a organizovaní v prorežimnom kňazskom združení Pacem in terris.
V rámci čistiek boli roku 1972 na príkaz ministerstva kultúry z teologického štúdia bez uvedenia dôvodu vylúčení siedmi študenti. Neskôr boli vyrozumení, že za angažovanosť ich alebo ich príbuzných v období Pražskej jari. Študenti štvrtého ročníka reagovali trojdňovou protestnou hladovkou, podnietenou aj správou o zozname ďalších adeptov na vylúčenie. Pridali sa aj študenti nižších ročníkov a dosiahli, že ďalší študenti už neboli vylúčení.
V máji 1974 vicerektor seminára prichytil dvoch študentov S. Podlipu a B. Salku, ako prepisujú knihu s náboženským obsahom a pripravujú ju na rozmnožovanie. Oboch nahlásil na ministerstvo kultúry a následne ich vyšetrovala polícia. Salku zo školy vylúčili, Podlipa po presviedčaní predstaviteľov fakulty odišiel sám.
Zasahovanie štátu i kolaborujúceho kňazského združenia Pacem in terris stále silnelo, a to aj kvôli takým ľuďom, ako bol napríklad tajomník bohosloveckej fakulty Jozef Krajči. Na jeseň 1980 sa skupina študentov odhodlala zorganizovať veľkú protestnú hladovku. Pripraviť ju tak, aby organizátorov neodhalili, nebolo jednoduché. Podaril sa však nevídaný počin: zo 147 študentov sa do dvojdňovej hladovky zapojilo 120. V liste biskupom a kňazom zdôvodnili svoj protest a pomenovali veci pravým menom. Keď napätie rástlo, prišla ďalšia výzva, v ktorej požadovali návrat všetkých neprávom vylúčených študentov a uistenie, že študentom nik nebude nanucovať prorežimné združenie Pacem in terris. V opačnom prípade bolo všetkých stodvadsať študentov odhodlaných zo školy odísť. Dvaja kolaborujúci predstavitelia cirkvi Onderko a Belák požadovali tvrdé potrestanie organizátorov protestu.
