V nečistom spore o to, kto dal železničnej spoločnosti lepšiu ponuku, premiér Dzurinda podporil svojho brata Miroslava, šéfa výberovej komisie železničnej spoločnosti, a jej riaditeľa Egyeda proti svojmu politickému druhovi Macejkovi. Ťažkým problémom pána premiéra je, že Najvyšší kontrolný úrad sa priklonil na opačnú stranu.
Podľa zistení NKÚ je rozhodnutie v prospech dodávateľa, ktorého vybrala výberová komisia, také pochybné, že Jozef Stahl odporučil, aby súdnoznalecký posudok vypracovala nezávislá inštitúcia. Je pochopiteľné, že stanovisko NKÚ a jeho predsedu sa dotknutým osobám nepáči, lenže to neospravedlňuje spôsob, akým naň reagovali. Hovorca železníc Miloš Čikovský pustil do obehu informáciu, že NKÚ vraj vypracoval dve správy, ale zverejnil iba tú, ktorá je pre železničnú spoločnosť a jej výber nepriaznivá. Táto informácia mala verejnosti povedať, že NKÚ vypracúva svoje správy nie podľa faktov a skutočnosti, ale podľa vlastných predstáv a zámerov. Miroslav Dzurinda tvrdil, že Jozef Stahl svojimi vyjadreniami porušil zákon o verejnom obstarávaní a ohlásil, že na neho podá trestné oznámenie. Podobný osud majú aj vyjadrenia, že kontrolný úrad konal nad rámec svojich oprávnení. Keby také vyjadrenia niekto myslel vážne, tak by musel obrátiť na Ústavný súd SR, pretože NKÚ je štátny orgán a môže konať iba „spôsobom, ktorý ustanoví zákon“. Ak konal inak, porušil ústavu, za čo by musel jeho predseda odísť. Lenže zatiaľ taký podnet nikto nepodal a ani o ňom nehovorí. Premiér Dzurinda spochybnil kontrolný orgán slovami, že „je dosť dôvodov domnievať sa, že výsledky šetrenia NKÚ boli nepravdivé“. Zaradil sa tak na koniec dlhého zoznamu osôb, ktoré stoja na čele nejakého štátneho orgánu a majú dosť dôvodov, aby sa „domnievali“, že výsledky šetrení NKÚ nie sú pravdivé.