Jednou z dôležitých podmienok efektívnej regulácie je nezávislé postavenie regulačných inštitúcií, na čom sa zhodujú viaceré medzinárodné inštitúcie (napríklad OECD, EK, Svetová banka, Medzinárodný menový fond, UCTAD, WTO) a prikláňa sa aj prax vo väčšine vyspelých krajín.
Myšlienka, že existujú inštitúcie, ktoré nie sú pod priamym vplyvom politikov, sa na Slovensku presadzuje ťažko, dokonca sa situácia skôr zhoršuje.
Napríklad v roku 2001 sa podarilo presadiť zákonné poistky nezávislosti Protimonopolného úradu, najmä vymenúvanie a odvolávanie predsedu úradu, vytvorenia kolektívneho orgánu rady úradu, ktorá rozhoduje o podaných rozkladoch. Navyše sa pozícia predsedu úradu obsadzovala na základe otvoreného konkurzu, hoci to zákon nevyžadoval.
Neskôr sa ochota politikov akceptovať nezávislé inštitúcie znižovala. Kým v roku 2006 počas vlády Roberta Fica opozícia namietala oslabenie nezávislosti Úradu pre dohľad nad zdravotnou starostlivosťou, pri politickej nominácii predsedu Protimonopolného úradu v roku 2011 počas vlády Ivety Radičovej sa už žiadna diskusia nekonala.
V roku 2013 napriek odporúčaniu Európskej komisie posilniť nezávislosť Úradu pre verejné obstarávanie bol za podpredsedu vymenovaný člen politickej strany. Napriek jasnej požiadavke Komisie na nezávislosť Telekomunikačného úradu prišla ďalšia politická nominácia na post podpredsedu úradu. Dôležité bude vymenovanie členov Rady Úradu pre verejné obstarávanie.
